Figlia di Pirro del Balzo, quarto duca di Andria e principe di Altamura, e di Maria Donata del Balzo Orsini duchessa di Venosa, figlia del duca di Venosa Gabriele del Balzo Orsini e nipote del principe Giovanni Antonio del Balzo Orsini. Pietro, detto anche Pirro, era Gran Connestabile del regno di Napoli e fu ucciso nel 1491. Fu una delle più ricche ereditiere del reame: dalla madre aveva ereditato il ducato di Venosa, dal padre quello di Andria, il principato di Altamura e la contea di Montescaglioso.

Durante i concitati mesi successivi alla morte di re Ferrante, con l’invasione francese di Carlo VIII e i brevi governi di Alfonso II e Ferrandino, Isabella riparò prima nel castello di Bari, poi a Brindisi, ad Otranto, ed infine a Lecce, dove le giunse la notizia della successione al trono del marito. Giunta faticosamente a Napoli per l’ingresso trionfale dei nuovi regnanti, prese residenza a Castelnuovo accanto alle regine vedove Giovanna III e Giovanna IV prima di partire in esilio in Francia con il marito.

La cerimonia nuziale si celebrò il 28 novembre 1487 e dopo nove mesi nacque Ferdinando che la sorte aveva destinato ad essere l’ultimo duca di Calabria. Lo seguirono due femmine: Isabella e Giulia. Federico era innamoratissimo della moglie e fu un marito ideale per Isabella. Nonostante gli affari di Stato, le guerre e le condizioni precarie del Regno lo costringessero per lungo tempo lontano, la visitava ogni volta che poteva, impartendo in quelle occasioni l’educazione dei figli e cercando di essere comunque presente e di proteggerla. Tant’è che la raggiungeva con lettere e messaggi, in cui le dava consigli e doni. Quando divenne re le affidò la reggenza delle Terre di Puglia.

Da Brindisi si spostò ad Otranto ed infine a Lecce, dove le giunse la notizia della successione al trono del marito. A Lecce vi dimorò per oltre un anno, prima da principessa reale e poi da regina. Luigi Paladini accompagnò Isabella del Balzo, moglie di Federico, nel viaggio da Lecce a Napoli.

Fu incoronata a Barletta non potendo ancora raggiungere Napoli a causa di un’epidemia di peste. Lo stesso Federico fu incoronato a Capua.

Molti dettagli sulla vita di Isabella si ricavano dal poema “Lo Balzino” scritto da Rogeri di Pacienzia (Ruggiero de Pacientia) a Nardò nel 1499. Lo Balzino narra in ottave canterine la vita di Isabella del Balzo dalla nascita fino al trionfo regale del 13 febbraio 1498 quando Federico rientrò nella sua Napoli festante dopo la sua vittoria sul principe di Salerno. L’opera  fu analizzata da Benedetto Croce (La regina Isabella del Balzo, Napoli 1897) e pubblicata dal professor Mario Marti nella biblioteca Salentina di cultura. 

Isabella si circondò sempre di cantori e musici, di nobili e cortigiani, e Ruggiero de Pacientia di Nardò fece parte del corteo che accompagnò la nuova regina da Lecce verso Napoli; a lui si deve la stesura de “Lo Balzino” la biografia di Isabella del Balzo (Balzino perché dedicato ai del Balzo), un poema scritto in suo onore in cui registra dettagliatamente non solo la vita di Isabella, insieme alle lodi della famiglia Del Balzo, ma anche le tappe del viaggio di Isabella, lungo l’infinito peregrinare della vita della Regina triste, fino all’altare e poi sul trono e riguardo la fine vittoriosa della guerra di re Federico contro il ribelle principe di Salerno. Sono otto canti e in quelli centrali si “narrano” le sventure di Isabella e poi il suo trionfale viaggio da Lecce verso Napoli. L’opera sarebbe stata sollecitata da due dame della corte di Isabella, Giulia Paladini e la madre Caterinella Morosina, ma il poema è introdotto da una lettera dedicatoria ad Antonia Del Balzo, sorella di Isabella. La regina viene elogiata come esempio di forte virtù muliebre anche da Castigione ne Il Cortegiano (III, 36). Il manoscritto F27 (Biblioteca Augusta di Perugia), conserva una copia preparata per la nobildonna leccese Giulia Paladini, signora di Rogeri e amica d’Isabella.